Mengawali karier menjadi peneliti di bidang Sosial, Ekonomi dan Kebijakan Kehutanan sejak tahun 1994 pada Pusat Penelitian Pengembangan Ekosistem Hutan Dipterokarpa (B2P2EHD-Samarinda) Badan Penelitian, Pengembangan dan Inovasi, Kementerian Lingkungan Hidup dan Kehutanan. Bidang penelitiannya meliputi pengelolaan sumber daya hutan oleh masyarakat lokal, penyelesaian konflik dalam pemanfaatan sumber daya hutan, sosial dan ekonomi sumber daya hutan, perubahan iklim dan kemitraan pemangku kepentingan dalam pengelolaan lanskap. Sejak tahun 2022 beralih kelembagaannya ke BRIN. Wahyuni telah menulis artikel dan karya ilmiah nasional dan internasional. Telah menerima hibah kemitraan untuk pengembangan masyarakat sejak tahun 2020. Wahyuni adalah anggota redaksi beberapa jurnal di Badan Litbang dan Inovasi dan sebagai reviewer beberapa jurnal nasional. Latar belakangnya yang beragam melengkapi penelitiannya dalam ilmu lingkungan dengan fokus pada paradigma sosial.